Στις 26 Σεπτεμβρίου του 2000, το πλοίο «Εξπρές Σάμινα» αναχωρεί από τον Πειραιά με 533 ανθρώπους, 472 επιβάτες και 61 άτομα πλήρωμα. Λίγο μετά της 10 το βράδυ, προσέγγιζε το λιμάνι της Παροικιάς, με ανέμους που έφταναν τα 8 μποφόρ.

Λίγο πριν φτάσει στην Πάρο, προσκρούει στις νησίδες «Πόρτες», με ταχύτητα 18 κόμβων. Η σύγκρουση πλημμυρίζει το μηχανοστάσιο του πλοίου με συνέπεια να πάρει αμέσως κλίση προς τα δεξιά και μετά από 25 λεπτά να βυθιστεί.

Το σημείο της σύγκρουσης βρισκόταν 2 μόλις μίλια ανοιχτά της Πάρου. Το πλοίο βυθίστηκε στο σκοτάδι, κάτι που προκάλεσε πανικό στους επιβάτες αφού κανείς δεν έβγαλε κάποια ανακοίνωση από τα μεγάφωνα. Οι επιβάτες πηδούσαν στα τυφλά μέσα στα σκοτεινά νερά. Μετά από αρκετή ώρα, το Λιμεναρχείο Πάρου διατάσσει όλα τα παραπλέοντα πλοία να σπεύσουν προς βοήθεια. Για μερικούς όμως είναι πολύ αργά. Ο λιμενάρχης Πάρου, Δημήτρης Μάλαμας, έχασε τη ζωή του το ίδιο βράδυ από το άγχος και την πίεση κατά τη διάρκεια της επιχείρησης.

Η τραγωδία του «Εξπρές Σάμινα» άφησε πίσω της 81 νεκρούς. Ανάμεσα τους ήταν και ο 19χρονος φαντάρος, Βασίλης Ραχούτης, ο οποίος έχασε τη ζωή του προσπαθώντας να σώσει τον κόσμο που πνιγόταν παλεύοντας με τα κύματα.

Η έκθεση των πραγματογνωμόνων έκανε λόγο για λάθος χειρισμούς από την πλειονότητα του πληρώματος. Επιπλέον, υπήρξαν καταγγελίες πριν από το ναυάγιο πως το πλοίο δεν ήταν σε καλή κατάσταση για να ταξιδέψει, αλλά οι δυο επιθεωρήσεις που έγιναν, δεν βρήκαν κάποιο πρόβλημα.

Στις 29 Νοεμβρίου του 2000, ο εφοπλιστής Παντελής Σφηνιάς, μην αντέχοντας το βάρος της τραγωδίας και της πίεσης που του ασκήθηκε, έδωσε τέλος στη ζωή του πηδώντας από τον έκτο όροφό του κτιρίου της εταιρείας Minoan Flying Dolphins. Οι κατηγορούμενοι για το ναυάγιο ήταν επτά και καταδικάστηκαν όλοι.

Η τραγωδία του «Εξπρές Σάμινα» βύθισε στο πένθος της οικογένειες των θυμάτων αλλά και όλη την Ελλάδα. Πρόκειται για μια από τις μεγαλύτερες ναυτικές τραγωδίες στην ιστορία της χώρας.