Μέσω των οργάνων της στην Κύπρο (ΕΛΔΥΚ, Εθνικη Φρουρά, ΕΟΚΑ Β'), στις 15 Ιουλίου του 1974, η χούντα των Αθηνών ανέτρεψε τον αρχιεπίσκοπό Μακάριο στην Κύπρο. Πέντε ημέρες αργότερα έγινε η τουρκική εισβολή στην Μεγαλόνησο.

Οι σχέσεις μεταξύ Ιωαννίδη και αρχιεπισκόπου Μακαρίου δεν ήταν οι καλύτερες. Ο ταξίαρχος Δημήτριος Ιωαννίδης θεωρούσε ότι ο Μακάριος δεν ήθελε την «Ένωση» και φοβόταν το ανεξάρτητο πνεύμα του. Το σχέδιο για την ανατροπή του ξεκίνησε τον Απρίλιο του 1974.

Ο Ευάγγελος Αβέρωφ και άλλοι πολιτικοί παράγοντες προειδοποίησαν τον Μακάριο, ο οποίος ωστόσο δεν έδωσε πολύ σημασία. Τους φόβους τους είχαν εκφράσει και οι Κωνσταντίνος Καραμανλής και Ανδρέας Παπανδρέου από το εξωτερικό. Η αφορμή για να επιταχυνθούν οι εξελίξεις δόθηκε την 1η Ιουλίου.

Το υπουργικό συμβούλιο της Κύπρου αποφάσισε την μείωση της στρατιωτικής θητείας σε 14 μήνες και την επίσης μείωση των ελλαδιτών αξιωματικών της Εθνικής Φρουράς. Την επόμενη κιόλας, ο Μακάριος έστειλε επιστολή στον στρατηγό Φαίδωνα Γκιζίκη, κατηγορώντας την ελληνική κυβέρνηση για συνωμοσία εναντίον του, ζητώντας να επιστρέψουν στην Ελλάδα 650 Έλληνες αξιωματικοί.

Την ίδια μέρα αποφασίστηκε το πραξικόπημα εναντίον του Μακαρίου για τις 15 Ιουλίου. Στις 13 Ιουλίου έγινε νέα σύσκεψη για να συζητηθούν οι επιπτώσεις από την μείωση της στρατιωτικής θητείας στην Κύπρο. Η σύσκεψη κράτησε μόλις λίγα λεπτά και έγινε μόνο και μόνο για να παραπλανηθεί ο στρατηγός Ντενίσης, θείος της ηθοποιού Μιμής Ντενίση, που ήταν αντίθετος με ένα πιθανό πραξικόπημα στην Κύπρο.

Το πρωί της 15ης Ιουλίου, ο αρχιεπίσκοπος Μακάριος επέστρεφε στο Προεδρικό Μέγαρο στην Λευκωσία. Η πομπή του πέρασε ανενόχλητη μπροστά από το στρατόπεδο της Εθνικής Φρουράς στην Κοκκινοτριμιθιά, όμως όλα ήταν έτοιμα. Στις 8.15 τα πρώτα τεθωρακισμένα βγήκαν από την βάση τους. Μια μοίρα καταδρομών πήρε εντολή να καταλάβει δημοσιά κτίρια και διάφορα σημεία.

Όταν άρχισαν οι πυροβολισμοί, ο Μακάριος προστάτευσε την ομάδα ελληνοπαίδων από την Αίγυπτο που βρισκόταν στο κτίριο και ύστερα διέφυγε από την μόνη αφύλακτη δίοδο. Με την βοήθεια των σωματοφυλάκων του ακολούθησε ένα δύσβατο μονοπάτι και έφτασε στην Μονή Κύκκου. Αργότερα αναχώρησε για την Πάφο.

Μέχρι το μεσημέρι, οι πραξικοπηματίες είχαν καταλάβει όλη την Λευκωσία. Αμέσως αναζήτησαν το πρόσωπο που θα αντικαταστήσει τον Μακάριο. Τρεις δικαστικοί και ο Γλαύκος Κληρίδης αρνήθηκαν. Ο αντικαταστάτης βρέθηκε στο πρόσωπο του δημοσιογράφου και παλαιού αγωνιστή της ΕΟΚΑ, Νίκου Σαμψών.

Οι πραξικοπηματίες θεωρούσαν τον Μακάριο νεκρό και μάλιστα το ανακοίνωσαν μέσω του ΡΙΚ. Ωστόσο ο Μακάριος απηύθυνε μήνυμα στον κυπριακό λαό από τη Πάφο, λέγοντας πως είναι ζωντανός και πως έτσι το πραξικόπημα απέτυχε. Κάλεσε δε τον κόσμο να αντισταθεί στην χούντα. Την επόμενη μέρα όμως όλη η Κύπρος ήταν υπό τον έλεγχο των πραξικοπηματιών. Οι νεκροί έφτασαν τους 450.

Ο Μακάριος διέφυγε μέσω της Μάλτας και έφτασε στο Λονδίνο. Η Μεγάλη Βρετανία κράτησε επιφυλακτική στάση, ενώ οι ΗΠΑ ζήτησαν την υποστήριξη της ανεξαρτησίας της Κύπρου από όλα τα κράτη, με τον υπουργό Εξωτερικών Χένρι Κίσιγκερ να αποκλείει την πρόταση για υποστήριξη του Μακαρίου.

Οι Τουρκοκύπριοι παρέμειναν απαθείς. Θεώρησαν πως το πραξικόπημα αφορούσε μόνο τους Ελληνοκύπριους. Η Τουρκία ήταν σε επιφυλακή και στην Άγκυρα συνήλθε Συμβούλιο Εθνικής Ασφαλείας, όπου οι στρατιωτικοί διαβεβαίωσαν τον τον πρωθυπουργό Μπουλέντ Ετσεβίτ ότι θα είναι έτοιμοι για εισβολή στην Κύπρο μέσα σε πέντε ημέρες.