Ο δολοφόνος του Πάυλου, Γιώργος Ρουπακιάς, είχε ενημερώσει πριν και μετά από τη δολοφονία τον πρόεδρο της τοπικής οργάνωσης, Γιώργο Πατέλη. Αργότερα, στην ομολογία του το αρνήθηκε. Η αντιτρομοκρατική ανέλαβε τις έρευνες στις συνομιλίες των στελεχών του κόμματος.

Στις 28 Σεπτεμβρίου του 2013, ύστερα από εισαγγελικές έρευνες, στοιχειοθετείτε η κατηγορία για σύσταση εγκληματικής οργάνωσης. Την ίδια ημέρα, τα ηγετικά στελέχη του κόμματος, συλλαμβάνονται και οδηγούνται στην Ευελπίδων. Μεταξύ τους ο Γενικός Γραμματέας της Χρυσής Αυγής, Νίκος Μιχαλολιάκος, καθώς και οι βουλευτές Ηλίας Κασιδιάρης, Ηλίας Παναγιώταρος και Παναγιώτης Λαγός.

Τα αδικήματα για τα οποία διώκονταν, ήταν η δολοφονία του Παύλου Φύσσα, η απόπειρα δολοφονίας αλλοδαπού στη Μεταμόρφωση Αττικής, η απόπειρα δολοφονίας Αιγύπτιου στην Ιχθυόσκαλα, καθώς και δεκάδες ξυλοδαρμοί, ξέπλυμα μαύρου χρήματος και εκβιασμοί.

Τα ηγετικά στελέχη της Χρυσής Αυγής αποφυλακίστηκαν, με τη δίκη να ξεκινάει στις 20 Απριλίου του 2015. Έπρεπε να περάσουν 5 ολόκληρα χρόνια, μέχρι να φτάσουμε το 2020 στην ώρα της απόφασης. Στις 7 Οκτωβρίου πάνω από 15 χιλιάδες άνθρωποι είχαν μαζευτεί έξω από το Εφετείο και στην ευρύτερη περιοχή της Λεωφόρου Αλεξάνδρας.

Στήθηκαν μεγάφωνα για να μεταφερθεί στον κόσμο η ανακοίνωση της απόφασης. Λίγο μετά τις 11 το πρωί η πρόεδρος του δικαστηρίου, Μαρία Λεπενιώτη ανέβηκε στην έδρα και ανακοίνωσε την απόφαση. Η Χρυσή Αυγή αποτελεί εγκληματική οργάνωση.

Ήταν μια ιστορική στιγμή με τον κόσμο να ζητωκραυγάζει με συγκίνηση και ανακούφιση. Τα διεθνή ΜΜΕ χαρακτήρισαν τη δίκη ως τη μεγαλύτερη δίκη φασιστών μετά τη Δίκη της Νυρεμβέργης.

Η εικόνα της Μάγδας Φύσσα να φωνάζει «Τα κατάφερες γιε μου» ήταν συγκλονιστική.

Η απόφαση του δικαστηρίου ήταν τεράστιας σημασίας, στέλνοντας στη φυλακή τα μέλη μιας ναζιστικής οργάνωσης που για αρκετά χρόνια σκόρπισε τον τρόμο σε γειτονιές με τη βίαιη δράση της και κατάφερε να φτάσει και μέχρι τη Βουλή των Ελλήνων σε 4 εκλογικές αναμετρήσεις, ενώ στον Μάιο του 2014 στης Ευρωεκλογές έλαβε ποσοστό 9,39% και 536.910 ψήφους για να καταταχθεί 3ο κόμμα.

Η 7η Οκτωβρίου είναι από το 2020 μια ημέρα νίκης κατά του φασισμού και μια ημέρα δικαίωσης όλων των θυμάτων της εγκληματικής οργάνωσης της Χρυσής Αυγής.