Η επιστήμη γύρω από το χρώμα των ματιών έχει αρκετές που πληροφορίες που δεν γνωρίζουμε. Μπορεί τα γονίδια να είναι υπεύθυνα για το χρώμα, αλλά είναι ένα αρκετά περίπλοκο κληρονομικό χαρακτηριστικό. Το αν θα έχετε μπλε μάτι ή σκούρα καφέ, αυτό εξαρτάται από το πόση μελανίνη έχετε.

Η ίριδα, το χρωματιστό μέρος του ματιού δηλαδή, αποτελείται από στρώματα. Το επιθήλιο της χρωστικής ουσίας της ίριδας βρίσκεται στο πίσω μέρος και έχει κάποια μαύρη ή καφέ χρώση. Το στρώμα από πάνω του (έτσι ονομάζεται μάλιστα, stroma) έχει πολλές φορές καφέ μελανίνη αλλά και άχρωμο κολλαγόνο. Οι μαύρες κουκκίδες ή οι «χορδές» που βλέπετε στο μάτι προέρχονται συνήθως από το επιθήλιο και είναι ορατές μέσω του «στρώματος».

Το χρώμα λοιπόν εξαρτάται από την ποσότητα μελανίνης στο «στρώμα». Αν έχετε καφέ μάτια, έχετε καφέ μελανίνη στο στρώμα που θα απορροφήσει το διαθέσιμο φως και θα κάνει την ίριδα να φαίνεται πιο σκούρα. Εάν έχετε πράσινα μάτια, δεν υπάρχει πολλή μελανίνη ή κολλαγόνο και το φως θα διασκορπιστεί. Εάν τα μάτια σας είναι μπλε, δεν έχετε καθόλου μελανίνη και όλο το φως που χτυπά το μάτι διασκορπίζεται και αντανακλάται προς τα πίσω. Αυτός είναι ο και ο λόγος για τον οποίο τα άτομα με μπλε ή πράσινα μάτια μπορεί να φαίνεται ότι αλλάζουν χρώμα, ανάλογα με την ποσότητα φωτός σε ένα δωμάτιο.

Ποιος είναι ο ρόλος των γονιδίων όμως; Αν και δεν προγραμματίζουν το σώμα μας για ένα συγκεκριμένο χρώμα ματιών, επηρεάζουν την ποσότητα αλλά και την ποιότητα της μελανίνης στο «στρώμα», η οποία όπως είπαμε παραπάνω ευθύνεται για την απόχρωση που έχουμε. Το μπλε είναι πιο ασυνήθιστο από το καφέ, το οποίο είναι και το ποιο συχνό χρώμα. Αλλά το πιο σπάνιο είναι το γκρι, το οποίο προκαλείται από την μεγάλη ποσότητα κολλαγόνου στο μάτι.