Το 1996 η ελληνική κυβέρνηση κάνει αίτηση στην Ευρωπαϊκή Ένωση να κατοχυρώσει την ονομασία προέλευσης της φέτας, να την μετατρέψει δηλαδή σε προϊόν Π.Ο.Π. (Προστατευόμενη Ονομασία Προέλευσης). Το αίτημα γίνεται δεκτό, πράγμα που σημαίνει ότι η ονομασία «φέτα» είναι αυστηρά ελληνική και προέρχεται από συγκεκριμένες περιοχές της Ελλάδας, ενώ δεν μπορεί να χρησιμοποιηθεί από άλλες χώρες που παράγουν παρόμοια τυρία. Επίσης, δεν θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί σε τυριά παρόμοιας σύστασης που παρασκευάζονται εκτός (και εντός) Ελλάδος με άλλη διαδικασία από την παραδοσιακή.

Η απόφαση αυτή ήταν άκρως θετική για την ελληνική βιομηχανία τυροκομικών, καθώς το τυρί με όνομα «φέτα» θα ήταν πλέον και με τη βούλα, αποκλειστικά ελληνικό προϊόν. Έτσι η παραγωγή του τυριού αλλά και οι εξαγωγές θα αυξάνονταν και θα ωφελούσαν σημαντικά την ελληνική οικονομία.

Το 1999 όμως, η Γερμανία, η Δανία κι η Γαλλία, προσέφυγαν στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο για την ακύρωση της προηγούμενης απόφασης, με σκοπό να μπορέσουν κι αυτοί να χρησιμοποιούν τον όρο «φέτα» για τα λευκά τυριά που παράγουν. Το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο δέχτηκε το αίτημα τους και ακύρωσε την Π.Ο.Π. της φέτας. Το σκεπτικό της απόφασης ήταν πως η Ευρωπαϊκή Επιτροπή δεν είχε λάβει υπόψη της ότι η ονομασία χρησιμοποιούταν προ πολλού σε ορισμένα κράτη-μέλη πλην της Ελλάδας. Από εκείνο το σημείο άρχισε ο λεγόμενος «πόλεμος της φέτας» με συνεχείς διαπραγματεύσεις για το αν η Ελλάδα δικαιούται να διατηρήσει την αποκλειστικότητα στη χρήση της ονομασίας «φέτα».

Πέρασαν τρία χρόνια για να αποφανθεί ξανά η Ευρωπαϊκή Επιτροπή, ότι μόνο η Ελλάδα μπορεί να παράγει προϊόντα με αυτό όνομα. Οι αντιδράσεις ήταν ξανά έντονες, με τη Γερμανία κι τη Δανία αυτή τη φορά να αντιμάχονται τη συγκεκριμένη απόφαση. Και δεν έμειναν μόνο στα λόγια. Έκαναν εκ νέου προσφυγή στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο.

Στις 25 Οκτωβρίου του 2005, το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο απέρριψε τις προσφυγές των δυο χωρών και κατοχύρωσε πως το όνομα «φέτα» είναι μόνο ελληνικό, επαναφέροντας την αρχική απόφαση (9 χρόνια μετά), πως είναι προϊόν με Προστατευόμενη Ονομασία Προέλευσης. Και όχι μόνο αυτό. Έδωσε δυο χρόνια διορία να αποσυρθούν οι ξένες ετικέτες από τις συσκευασίες.

Λίγο περισσότερο από μια δεκαετία αργότερα, η ονομασία «φέτα» παραμένει καθαρά ελληνική, όμως οι εξαγωγείς της φέτας δεν εκμεταλλεύτηκαν στο έπακρο την παγκόσμια αγορά, με τα περιθώρια (πάντως) κέρδους και ανοίγματος στο εξωτερικό να είναι ακόμα μεγάλα.